Crie seu instalador na plataforma Windows Installer , isso criará um arquivo .MSI que pode ser facilmente implantado através do Active Directory e da Diretiva de Grupo ou do Systems Center.
Um dos recursos mais strongs dos bancos de dados do Windows Installer é o conceito de propriedades, que são associações de valores-chave, uma das quais poderia ser SubscriberID. Configure seu instalador para solicitar apenas o SubscriberID, se estiver em branco no banco de dados do instalador do Windows.
Forneça aos seus clientes instruções em criação de uma transformação (arquivo .MST), que pode ser aplicado ao arquivo MSI para "injetar" o SubscriberID no instalador.
Se você estiver usando o Visual Studio, eu recomendo o projeto WiX para criar um arquivo MSI. O Instalador Avançado também é muito poderoso. Existem muitos outros produtos, então, pesquise se você pode encontrar algo que faça exatamente o que você quer.