Eu não iria clonar. O que eu faria é montar a segunda unidade no sistema, particionar e formatá-la adequadamente, usar tar
ou cpio
para transferir todos os arquivos, remover a unidade original e instalar o grub na nova unidade. Isso elimina a necessidade de encolher qualquer coisa e, como efeito colateral, limpa qualquer fragmentação que possa ter acontecido.
Ou se você estiver usando o LVM, adicione o PV na segunda unidade ao VG, reduza o FS e o LV, migre o LV para a nova unidade e instale o grub. Isso exigirá redução, mas após a operação de redução, a migração de LV pode ser feita ao vivo.