A mensagem "ap_pass_brigade" é inofensiva - veja o link .
Dependendo dos números que você está lendo para chegar a 90%, ele também pode ser inofensivo - em particular, a figura 'usada' no topo inclui os buffers de cache do kernel para acelerar o acesso a arquivos, reduzir quando algo mais precisa da memória.
Mas "Fim prematuro dos cabeçalhos de script" significa que o script é, por alguma razão, que você não está concluindo e executando seu trabalho. Existe mais informação nos logs? O script está começando - você pode inserir uma instrução print (para stderr) e vê-la aparecer no log de erros do Apache? Existe alguma coisa no suexec.log? - alguns problemas que causam isso aparecerão lá.