Deve estar tudo bem, a única coisa a ser cuidadosa agora é que o IIS 7 e acima podem usar arquivos web.config dentro do conteúdo para armazenar suas configurações (como navegação em diretório e outros). um valor para um terá o efeito colateral para alterar o outro também, já que ambos compartilham o mesmo web.config. Uma maneira de conseguir isso sem afetar o outro é usar caminhos dentro do ApplicationHost.config ou do web.config raiz, dependendo se você está modificando as configurações do ASP.NET/WCF ou do IIS. Mas além disso, você não deve ter problemas.