Você precisa ativar hosts virtuais baseados em nome com NameVirtualHost * . Além disso, não sei se isso é importante, mas por que a raiz do documento squirrelmail está definida fora de seu contêiner VirtualHost?
Acho que odeio o Apache agora, mas com o problema. Pode ser um erro de configuração do meu lado ou apenas minha incapacidade de ver o que está certo na minha frente, mas estou tentando configurar um subdomínio no Apache e, não importa o quê, ele sempre redireciona o subdomínio para a web. raiz do domínio principal. Minha configuração é postada abaixo (e sim, as informações de nome de domínio foram modificadas propositalmente):
<VirtualHost *>
DocumentRoot /var/www/root/
ServerName example.com
<Directory /var/www/root/>
allow from all
Options +Indexes
</Directory>
</VirtualHost>
<Directory /usr/share/squirrelmail>
Options Indexes FollowSymLinks
<IfModule mod_php5.c>
php_flag register_globals off
</IfModule>
<IfModule mod_dir.c>
DirectoryIndex index.php
</IfModule>
# access to configtest is limited by default to prevent information leak
<Files configtest.php>
order deny,allow
deny from all
allow from 127.0.0.1
</Files>
</Directory>
# users will prefer a simple URL like http://webmail.example.com
<VirtualHost *>
DocumentRoot /usr/share/squirrelmail/
ServerName squirrelmail.example.com
</VirtualHost>
Primeiro: você deve recuar suas configurações para facilitar a leitura. Também ajuda a identificar alguns tipos de erros.
Eu realmente não acho que isso esteja causando o erro, mas vale a pena tentar;) docs diz: O DocumentRoot deve ser especificado sem uma barra final.
Não consigo ver um erro na sua configuração do host virtual e você diz que ele redireciona para o domínio padrão, portanto, não acho que o erro esteja no lado do apache. Talvez o erro seja do index.php que você especificou - você configurou algum host padrão ou algo na configuração do squirrelmail para que ele seja redirecionado? Tente substituir o index.php por algum arquivo que apenas imprima algo e verifique se isso funciona.