Eu tenho mais de 15 instâncias de tomcat no mesmo servidor e todas começaram de uma vez.
Eu tenho um script de inicialização para todos (acho que você também tem, não?).
Eu crio um script startup_ALL_tomcat.sh que executa todas as startups (você pode colocar um comando "sleep 60" para atraso) e criar um link em /etc/rc3.d/S99tomcat.