Após alguns testes com uma instalação padrão do Windows 7, consegui reproduzir esse problema.
Os Favoritos padrão aparecem como parte de um recurso chamado "Pacotes locais". Você pode desativar o Pacote local ou remova-o do seu WIM . Um artigo decente descrevendo os pacotes locais está disponível aqui .
O comando mctadmin.exe /r US
, como administrador, funcionou na minha instalação de teste.
Não consegui reproduzir o mesmo problema no Windows XP SP3 / IE8
Editar:
Vale a pena notar que isso não parece remover as pastas padrão MS Favorites. A remoção do Pacote Local permitiu que o usuário excluísse as pastas padrão e elas não reapareceram na reinicialização. Se você quiser limpar a pasta padrão dos perfis de usuário existentes, convém usar um script de logon simples.
IF EXIST "%USERPROFILE%\Favorites\Microsoft Websites" RMDIR /S Q "%USERPROFILE%\Favorites\Microsoft Websites"
IF EXIST "%USERPROFILE%\Favorites\MSN Websites" RMDIR /S Q "%USERPROFILE%\Favorites\MSN Websites"