Sim, o limite é para tudo sob a webapp.
Se você pretende aumentar significativamente, talvez seja necessário aumentar algumas outras configurações no IIS e / ou no SharePoint para garantir que as conexões não expirem.
no IIS: limite de tempo limite de conexão
No SharePoint: tamanho grande do fragmento de arquivo
Veja este post para algumas boas percepções sobre isso. É velho, mas não desatualizado, eu acho.