Você pode simplesmente fazer uma cópia do arquivo .u1conflict e renomeá-lo. Se houver mais deles, convém abri-los e ver qual é qual. Nada está perdido. É para isso que servem os arquivos .u1conflict.
Isso pode acontecer se você estiver trabalhando diretamente em uma pasta sincronizada com um aplicativo que salva automaticamente, como o LibreOffice Writer. Acho que o que acontece é que, enquanto você faz o upload das alterações anteriores, o LibreOffice altera seu arquivo local. Isso significa que o arquivo que você está enviando não é o mesmo que o arquivo local e não é o mesmo que o arquivo no Ubuntu One. Não é perfeito, mas a internet não funciona em tempo absoluto e a sincronização é muito difícil. Eu acho que o Ubuntu One faz a coisa certa. Todas as ferramentas colaborativas devem ter uma maneira de lidar com conflitos. Quer você esteja sincronizando contatos entre telefones celulares ou trabalhando em código-fonte em um sistema de controle de versão, os conflitos acontecerão de tempos em tempos e realmente precisam ser tratados por um ser humano. Você realmente não quer que o computador julgue qual versão do seu documento tem o melhor conteúdo.
A única vez que experimentei isso foi quando trabalhei em um documento do LO Writer diretamente em uma pasta sincronizada. Eu parei de fazer isso e agora, em vez disso, trabalho em uma pasta não sincronizada e, em seguida, copie o arquivo para uma pasta sincronizada. Eu acredito que você pode impedir que isso aconteça reduzindo a freqüência de autosave ou desativando-a, mas eu não tentei isso sozinho. No meu caso, o LibreOffice Writer salvou automaticamente a cada dois minutos e, devido à má conexão, levou três minutos para fazer o upload do arquivo. Então faz sentido que haverá muitos conflitos.
Mas, como eu disse, os arquivos de conflito são cópias simples de seus arquivos, então nada é perdido.