Supondo que você esteja especificando seus caminhos corretamente, isso não deve ser um problema. A pasta / dir local e o remoto / dir são realmente o mesmo caminho? Às vezes você perde informações valiosas quando ofusca seus exemplos para muito.
De qualquer forma, a questão importante é que o --exclude deve cobrir o caminho completo, no destino para o qual você está restaurando. Vou tentar ilustrar usando um exemplo.
$ rdiff-backup server::/original/data/ /local/backup/
$ ls -F /local/backup/
file rdiff-backup-data/ subA/ subB/
$ rdiff-backup -r now --exclude /restore/point/subA /local/backup/ server::/restore/point/
$ ssh server
$ ls -F /restore/point
file subB/
Naturalmente, há também a maneira preguiçosa de simplesmente fazer um --excluir '** / subA', assumindo que não há mais subA abaixo na estrutura de diretórios.