O ASP.NET usa uma hierarquia para determinar qual arquivo web.config será usado. Há um machine.config com valores globais do sistema, então cada site tem um web.config em sua raiz, e cada diretório virtual usa seus próprios arquivos web.config. Executamos vários aplicativos asp.net no mesmo servidor usando uma combinação de vários sites configurados no IIS e muitos diretórios virtuais em cada site. Cada diretório virtual é executado em seu próprio appdomain e atua como um aplicativo isolado. Se você quiser configurar vários sites em um único endereço IP, pode usar cabeçalhos de host para que cada site responda a um pedido de URL diferente.