Existem duas opções simplificadas:
Faça backup dos convidados virtuais como servidores tradicionais. Use software de backup como o NetBackup ou o BackupExec que coloca um agente em cada convidado e envia os backups pela rede de convidados para algum local de destino. Uma desvantagem é que você tem que ter muito cuidado com o agendamento, porque você não pode ter todos os convidados no mesmo host disparar seus backups simultaneamente. O host irá desacelerar para um rastreamento. Outra desvantagem é que ele usa uma tonelada de tráfego de rede.
Ou use um software de backup integrado ao hipervisor. As empresas vendem programas de backup que conhecem hipervisores como o Hyper-V e o VMware. Em vez de colocar agentes em cada convidado, eles dizem ao host para tirar instantâneos do convidado e, em seguida, o host embaralha esses instantâneos em um destino. Isso pode ser mais fácil de programar e aproveitar as placas de rede separadas para minimizar a sobrecarga. A desvantagem é que quanto mais hipervisores você tem (você mencionou que está executando o Hyper-V e o VMware), mais difícil é encontrar um único programa de backup que faça um bom trabalho com todos eles. Por exemplo, a empresa para a qual trabalho vende uma que apenas funciona com o VMware:
Mas não com o Hyper-V. Se você não estiver executando um datacenter "real" e estiver usando apenas algumas máquinas para teste, sugiro seguir a rota tradicional.