Há um conflito em sua pergunta, você tem 1 VDS, mas quer ter 2 hosts, ns1 & ns2, como servidores DNS. Você precisará de dois VDS se quiser dois hosts. A melhor prática seria que os dois hosts estivessem em máquinas físicas separadas em diferentes áreas geográficas e redes.
Além disso, você não precisa dos seus próprios servidores de nomes para hospedar no VDS, pode usar o GoDaddy DNS e apenas definir os registros para apontar para o host correto. Como uma falha ou configuração incorreta do DNS interromperá todo o tráfego para os sites, verifique se você tem bons backups e como ele funciona antes de prosseguir. Se você ainda quiser tentar:
Obtenha um IP público e estático para seu servidor.
No sistema operacional escolhido, instale o servidor DNS de sua preferência.
Configurar a zona primária Domain.com no servidor DNS.
Adicione o ns1.domain do registro A ao seu IP público.
Adicione um CNAME para www.domain.com para apontar para ns1.domain.com
Adicionar um registro MX (s) para onde você pode receber mensagens para domain.com.
Na configuração de DNS do GoDaddy, defina-o como "Usar outros servidores DNS", digite ns1.domain.com para o primeiro servidor DNS.
Permitir pings para ns1 para testes.
Confirme se a zona / hosts estão configurados corretamente usando digg / nslookup / ping para testar.
Resolva erros.
Encontre outro host para ser ns2.domain.com com IP estático.
No ns1, adicione um registro A para ns2.domain.com.
No ns1, configure o servidor DNS para permitir que o ns2 receba atualizações para cada zona.
Na configuração de DNS do GoDaddy, "Usar outros servidores DNS", digite ns2.domain.com para o segundo servidor DNS.
No ns2, no servidor DNS, adicione uma zona secundária para domain1.com, aponte para ns1 como o principal.
Confirme se a zona é transferida corretamente usando digg / nslookup / ping para testar.
Resolva quaisquer erros.
Para os outros domínios:
No ns1, adicione uma zona primária para domain2.com no servidor DNS.
Adicione um registro A para www e CNAMES para qualquer outra coisa que você precise nesse host.
Adicionar um registro MX (s) para onde você pode receber mensagens para domain.com.
Na configuração de DNS do GoDaddy, defina-o como "Usar outros servidores DNS", digite ns1.domain.com para o primeiro servidor DNS.
Confirme se a zona / hosts estão configurados corretamente usando digg / nslookup / ping para testar.
Resolva erros.
Repita para cada domínio.
No ns2, no servidor DNS, adicione uma zona secundária para cada domínio acima, aponte para ns1 como o principal.
Confirme se a zona é transferida corretamente usando digg / nslookup / ping para testar.
Resolva quaisquer erros.
Repetir.
Desative o ping em ns1 e ns2 como preferir.
Documente, crie backups externos de ns1.
Faça todas as alterações futuras no ns1.