Se você não se importa de perguntar qual é o aplicativo? Você pode fazer o que Kevin sugeriu e usar o mstsc / console OU mstsc / admin, dependendo do nível do seu service pack para se conectar diretamente ao console. Outra opção é transformá-lo em um serviço. Eu não tenho certeza se você está rodando em uma janela de console porque você quer ver alguma saída, o que negaria isso - mas existem vários aplicativos que irão empacotar qualquer aplicativo como um serviço. Outra opção é a área de trabalho remota para essa máquina usando outra conta e depois assumir a sessão de administrador.