Verifique os logs em / var / logs / * - dependendo de quão bom o invasor foi, eles podem ter deixado vestígios. Se você é novo em rodar seu próprio servidor e se proteger - use o link e obtenha o livro de O Reilly "Servidor Linux" Segurança". Então comece devagar e pequeno. Leia o máximo possível sobre portas, rootkits, como habilitar uploads e downloads seguros. O Google é seu amigo aqui - pesquise "proteger o php" ou "proteger o linux" no Google e você está em um mundo de informações!