Você pode tentar uploads de formulários CGI / PHP simples via HTTPS.
Ou, se a máquina host tiver o software, você pode tentar usar o PHP para decriptografar arquivos que você envia criptografados. Note, você pode não ter acesso ao GPG / PGP, mas a maioria das plataformas Unix tem "crypt" (não a criptografia mais strong, lembre-se, mas em um aperto ...) e provavelmente terá o openssl que pode ser usado para criptografar / descriptografar.
Pior caso (sem acesso a executáveis locais ou a plataformas não-Unix) Tenho certeza de que existe um código PHP pronto para criptografar e descriptografar arquivos locais. No Stack Overflow, o módulo mcrypt foi sugerido. Claro, é muito trabalho extra, mas é uma opção.
Onde há um testamento (ou chicote), existe um jeito.