Não faça nada. O Windows Server 2003 é incrivelmente leve em hardware moderno (afinal de contas, é um sistema operacional de 6 anos), então minha crença é que você não deveria tocá-lo.
OK, isso é um pouco geral demais, então, para elaborar um pouco: não há sentido em otimizar se você não precisa, e você está em um estágio em que você ainda não sabe se precisa para. O truque é fazer com que as coisas básicas sejam feitas (servidor construído, aplicativos instalados, coisas configuradas) e, em seguida, começar a deixar os usuários da vida real por um mês ou mais. Você pode analisar os contadores de desempenho durante esse período, mas também pode ouvir seus usuários dando feedback sobre isso. Só então você saberá se há algum retorno na otimização de qualquer coisa.
Dito isso, você
pode precisar da opção / 3GB no boot.ini, mas somente se você tiver um sistema operacional de 32 bits e apenas se tiver aplicativos em execução que recomendem usá-lo .
A linha de fundo com um servidor, no entanto, é que a confiabilidade é sempre mais importante do que o desempenho, e toda otimização é quase sempre uma troca.