Não sabe como acessar a configuração de "gravação de áudio do > phonon >" mencionada acima; mas consegui resolver o meu problema específico da seguinte forma (e isto pode não estar 100% relacionado com a questão dos OPs, mas parece haver muitas pessoas à procura de tal ajuda)
Percebi que o Skype estava usando o microfone da minha webcam, que está embutido no meu monitor e está muito distante para ser útil. Eu queria que usasse o microfone do meu fone de ouvido. Parecia difícil convencê-lo a mudar. Eventualmente, eu rodei o pavucontrol, iniciei uma chamada de teste no Skype, que trouxe o Skype para a aba de "gravação", e aqui eu pude ver que estava gravando a partir do dispositivo de webcam do monitor. Então eu escolhi o dispositivo de áudio interno (basicamente, minha placa de som), e tudo estava funcionando bem (se um pouco muito alto, mas isso é facilmente resolvido, você nunca ouviu ninguém reclamar que o microfone é muito alto skype!)
Não sei por que é tão difícil apontar um aplicativo em um dispositivo diferente, ou talvez seja culpa do skype por não usar algum tipo de 'default' (embora eu não veja nenhum conceito de um dispositivo de entrada padrão no pavucontrol)
HTH