Para os Comutadores Virtuais padrão do ESXi 4, você precisa fazer isso de uma CLI. Se você usar o modo pseudo-console (não suportado) ou o VMA (suportado), o comando relevante é:
esxcfg-vswitch -m 9000 vSwitch0
Substitua o vSwitch0 pelos IDs do Interruptor Virtual relevantes e repita conforme necessário para todos os vSwitches que você precisa ativar para quadros Jumbo de 9K.
Em ambientes maiores (muito maiores) nos quais você está usando Switches Virtuais Distribuídos, é possível alterar a MTU a partir da GUI do vSphere Client.