Claro. Sua regra do NLB deve ser específica da porta 80, portanto, todas as solicitações de qualquer site na porta 80 devem ser tratadas pelo NLB. Apenas certifique-se de ter um registro DNS A ou CNAME externo para o novo site que aponta para o endereço IP público do servidor da web. No IIS, você pode adicionar cabeçalhos de host em cada site para que as solicitações recebidas sejam roteadas para o site correto.
Editar: você não precisa de vários clusters NLB. Um fará como ele irá lidar com todo o tráfego indo para a porta 80. O IIS irá diferenciar entre os sites baseados nos cabeçalhos do host.