Para a maioria das transferências FTP não interativas (ou seja, programáveis) wget (para downloads) e wput (para uploads) fará tudo o que for necessário.
cURL é outra opção: pode fazer mais, mas é proporcionalmente mais complexo também.
Você encontrará todos os itens acima nos repositórios padrão de praticamente qualquer distribuição Linux.
Qual é a melhor ferramenta, desses ou de muitos outros que estão, sem dúvida, por aí, depende de quais são suas necessidades mais exatas.