Várias coisas vêm à mente:
- Padronize em uma ferramenta ou outra. Há muitas coisas com as quais as duas ferramentas não concordam (elas ainda estão usando o mesmo banco de dados autoremove?). Escolha um, alias o outro para "echo Use $ OTHER_TOOL, sua ferramenta"
- Você deve usar o pinning; é muito mais incrível.
- Eu recomendo enfaticamente dar uma chance ao gerenciamento de configuração. Várias centenas de servidores? Nenhuma maravilha está quebrando em todos os lugares.
- Mais documentação, menos cowboy.
- Persiga o link (e são muitos, muitos bugs mesclados) para tentar corrigir o aptitude.