Como está na intranet, fazê-lo no IIS seria a única maneira de fazê-lo, tanto quanto eu saiba. Se fosse um site voltado para a Internet, você poderia fazê-lo no nível do firewall e deixar a porta interna como você queria, contanto que o firewall soubesse qual porta era.
O uso de cabeçalhos de host também pode ajudar se você tiver vários sites dentro do IIS.
Mas, você sabe, só pode alterar a porta para todo o site no IIS. Não é possível alterar a porta apenas para um aplicativo ou diretório virtual sob a raiz. Então, em outras palavras, você pode mudar www.me.com para www.me.com:89. Mas não o www.me.com/you/ para www.me.com:89/you/ e não o afeta em todo o site no IIS.