A linha de comando que usamos é
160_11\jre-6u11-windows-i586-p-s.exe /qn JAVAUPDATE=0 AUTOUPDATECHECK=0 REBOOT=Suppress
Isso remove o release de ponto anterior, mas não remove as principais versões anteriores (por exemplo, se anteriormente tínhamos 1.6 u05 na máquina que seria atualizada, mas a versão 1.5.x seria deixada.
Fazemos isso por motivos de compatibilidade com versões anteriores (que é sempre o maior problema com o Java).