Você pode fazer isso de algumas maneiras:
- Instale o (B) RPM manualmente com a opção --nodeps se tiver certeza de que as outras dependências foram atendidas.
- Compile (A) em seu próprio RPM. Você pode então instalar isso e (B) verá que a dependência é atendida e garantir a capacidade de atualização futura [essa é uma palavra?].
A opção 2. é preferível, mas levará mais tempo para ser realizada. Não espere que o yum adicione --nodeps suporte em breve . :)