Vimos algo parecido com nossos vídeos. Transmitimos vídeos com 6 horas de duração e, devido ao seu tamanho, demorou um pouco para enrijecer.
Nosso problema acabou sendo com metadados corrompidos no início do FLV. Como os arquivos eram loucos por muito tempo (e grandes), o Adobe Encoder tinha um problema conhecido em nossa versão, onde ele estragaria tudo.
No final, tivemos que usar alguma ferramenta obscura que encontramos flutuando na internet (desculpe, não consigo encontrá-la) que levou HOURS, mas construiu metadados precisos.
O motivo pelo qual ele começou a ser reproduzido novamente após a atualização foi porque ele recarregava os metadados sempre que o JW Player recarregava o vídeo RMTP.
Atualização: encontrei a ferramenta que usamos. FLVCheck localizou o erro e o FLVMDI o corrigiu. Você pode encontrar as duas ferramentas nessa página . Eu queria que essa página existisse quando eu estava passando por esse problema!