Poderia ser o log dos logins para os arquivos wtmp e utmp? Não está claro como "nunca" acessa a partição raiz após a inicialização, presumo que você tenha movido todos os arquivos para fora do disco. É / etc na unidade 40G?
Eu tenho um servidor baseado em Nexenta (1) que usa uma unidade PATA de 40GB muito antiga para a partição raiz que não pode residir na matriz de armazenamento principal (nem eu desejaria isso, embora faça backup dela). . Ele funciona bem porque tudo que acessa ativamente o armazenamento usa o array SATA raid2z. Isso significa que a própria partição raiz está completamente inativa e o disco de 40 GB geralmente fica adormecido.
Ou melhor, quase completamente inativo. As solicitações de login exigem que a unidade acelere, causando atrasos de login irritantes e sobrecarga desnecessária nessa unidade antiga, que poderia permanecer completamente inativa.
Tanto quanto eu posso dizer, a unidade só é acessada para ler os arquivos passwd e shadow, e estou surpreso que eles não permaneçam armazenados em cache na memória depois de serem lidos e, posteriormente, não modificados. É possível mantê-los explicitamente em cache, realocá-los em outro lugar ou evitar que a partição raiz precise ser acionada? (2)
O seu BIOS suporta a inicialização via USB? Acho que nexenta faz, você poderia usar um usbstick.
Caso contrário, um cartão CF com um adaptador pode ser tido por quase nada hoje em dia e se conecta diretamente ao IDE.