A menos que seja explicitamente bloqueado por uma regra de firewall, o roteador deve passar o tráfego - um pacote IP é um pacote IP, qualquer que seja o conteúdo. (O protocolo 41 é IPv6 encapsulado no IPv4). O próprio roteador não precisa saber nada sobre o IPv6.
Agora, se você estiver usando NAT, isso será um problema - a maioria das implementações de NAT não encaminhará pacotes de 41 protocolos automaticamente, e pode ser complicado configurar o encaminhamento manual para algo diferente de TCP ou UDP. Além disso, ele se anuncia como um 'roteador VPN'; Se seu tráfego estiver passando por uma VPN, é concebível que as regras de firewall ou encaminhamento em uma extremidade ou outra possam estar perdendo o tráfego do protocolo 41.
Para solucionar problemas, tentaria simplificar o máximo possível a configuração e, em seguida, incluir a complexidade. Comece com a caixa configurada como um roteador simples - sem VPN, sem NAT, sem regras de firewall e veja se funciona . Em seguida, adicione o restante de sua configuração de volta pouco a pouco e veja o que a quebra. Uma vez que você saiba disso, ele deve sugerir uma solução ou fornecer informações suficientes para fazer uma pergunta com uma resposta menos vaga * sorriso *.