Tenho experiência limitada com o Windows, mas monitoramos todos os nossos servidores Windows e Linux via SNMP.
Em todos os servidores Windows, instalamos o software gratuito Informante SNMP . O Informante SNMP monitora as várias métricas do servidor e as disponibiliza por meio do protocolo SNMP. Nos servidores Linux, instalamos o Net-SNMP, que faz o mesmo.
Depois, em um único servidor, instalamos o Zenoss Core , um sistema de monitoramento gratuito que pesquisa cada servidor, salva e grava os dados e envia alertas se ultrapassar os limites.
É um pouco demais se você estiver monitorando um único servidor, mas altamente recomendado se quiser monitorar vários servidores.