Não sei se isso solucionará seu problema, mas notei na última CU de agosto de 2009 o seguinte corrigir:
You send a message to a document library. If the message has a long subject and its attachment has a long file name, the attachment is dropped. Then, you cannot find the attachment in the document library.
Embora este não seja exatamente o seu problema, ele mostra que a Microsoft tem corrigido erros nessa área e pode ter (intencionalmente ou não) corrigido o seu.
Eu recomendo que você:
- Configure um ambiente de teste para poder reproduzir o problema.
- Instale o WSS 3.0 / SharePoint 2007 Service Pack 2 e a CU de agosto de 2009
- Verifique se o problema está resolvido.
Se for corrigido, você deve verificar cuidadosamente se essa atualização não quebrou outras partes do seu site antes de implantá-lo na produção. Espero que você tenha uma cópia do seu ambiente de produção replicado no teste e possa fazer isso com bastante facilidade.