Você considerou usar um miniaplicativo Java FTP?
Um applet Java pode ser incorporado em qualquer página da web e pode ser configurado para se conectar a um servidor FTP por definição, as credenciais do usuário podem ser solicitadas ou transmitidas por meio de variáveis JavaScript criptografadas.
Dê uma olhada no UnlimitedFTP Secure Applet, ele pode se conectar a servidores FTP / SFTPS / FTPS, ser executado em uma página da web e pode ser integrado via JavaScript a qualquer outra página da web.
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Divulgação completa: esse usuário é um funcionário da utechsoft.