Acho que seus problemas estão relacionados a bloqueios no banco de dados. Além disso, se o aplicativo que injeta dados usar o SQL dinâmico, sua CPU estará em carga alta.
Apesar do sql express não incluir um profiler, existem aplicativos de terceiros que executam o mesmo trabalho, eu recomendo o AnjLab.SqlProfiler.
Para mais informações, você pode ler alguns artigos aqui