você tem que mudar seu domínio godaddy na interface web especificando seu VPS como ns1 e você tem que procurar por um bom serviço ns2 em algum lugar, por exemplo link .
no seu VPS linux você tem que escrever o arquivo de zona se parece com isto:
$ORIGIN example.com
$TTL 86400
@ IN SOA dns1.example.com. hostmaster.example.com. (
2001062501 ; serial
21600 ; refresh after 6 hours
3600 ; retry after 1 hour
604800 ; expire after 1 week
86400 ) ; minimum TTL of 1 day
IN NS dns1.example.com.
IN NS dns2.example.com.
IN MX 10 mail.example.com.
IN MX 20 mail2.example.com.
IN A 10.0.1.5
server1 IN A 10.0.1.5
server2 IN A 10.0.1.7
dns1 IN A 10.0.1.2
dns2 IN A 10.0.1.3
ftp IN CNAME server1
mail IN CNAME server1
mail2 IN CNAME server2
www IN CNAME server2