Muitas dessas placas PCI de 64 bits podem ser usadas com slots de 32 bits. Ele irá se conectar e a última parte do cartão não será usada no slot. Em termos de desempenho, você está nos limites do seu barramento PCI. Não tenho certeza de quanto efeito de desempenho haveria, mas sei que provavelmente funcionará. O cartão às vezes diz que é compatível com slots de 32 bits.
Aqui estão comparações de throughput de slots pci 32 / 64bit 33 / 66mhz.
Em termos de desempenho, existem muitos fatores. Quantos outros dispositivos estão no barramento PCI? Eles estão todos compartilhando o potencial de transferência pci. Você está usando 33mhz ou 66mhz 32bit slots pci? As especificações da placa-mãe do servidor devem dizer.
EDITAR:
Você afirmou que já levantou e já vai. Isso é bom de ouvir. Você percebe alguma lentidão significativa ou problemas de desempenho até agora? Seus backups e rotinas terminam no mesmo período de tempo anterior? Se você não notar quaisquer novos problemas, eu diria que você está indo bem.
O outro fator a ser considerado é a sua única opção para colocar o servidor em funcionamento com unidades sata sem substituir a placa-mãe ou substituir o servidor. Se você não está vendo nada fora do comum, eu diria que considere isso uma boa solução até que o tempo de substituição do servidor chegue.
Eu suponho que o servidor não tenha portas E-Sata na placa-mãe?