Eu acho que há um bug na rotina de detecção do hotfix que determina se ele precisa ser aplicado ou não. O artigo de hotfix descreve um único arquivo ocx sendo atualizado, dependendo do sistema operacional e do ramo de serviço. Para o Server 2003, o wdhtmled.ocx está sendo atualizado para a versão 6.1.0.9247.
Fazer uma pesquisa no sistema de arquivos na minha partição raiz revela cinco cópias desse arquivo. 2 deles são apenas as versões corrigidas do hotfix baixado. Os outros três estão em
%SystemRoot%\ServicePackFiles\i386
%SystemRoot%\system32\dllcache
%SystemRoot%\$hf_mig$\KB973869\SP2QFE\wow
O em ServicePackFiles é o único que não é corrigido e eu não acho que deveria ser corrigido, já que essa pasta é apenas uma cópia em cache expandida do SP2 que foi aplicada ao sistema.
De qualquer forma, não acho que haja nada com que se preocupar. O único arquivo ainda vulnerável não é aquele usado pelo Windows. Eu estou supondo que a Microsoft irá lançar uma versão fixa do patch em breve e que a irritação irá embora.