Você já tentou alguma forma de criação de perfil de consulta no MySQL? Se você executar consultas muito intensas, por exemplo, SELECT * FROM tbl1 INNER JOIN tbl2 ... INNER JOIN tbl3 ... LEFT JOIN tbl 4 ... como um exemplo muito básico, mas óbvio, e você está retornando muitas linhas, ou sua consulta Não é indexado corretamente, isso pode retardar o seu sistema massivamente - eu aprendi com meus dias inexperientes onde eu não otimizar; -)
Ferramentas como mysqlreport e o script tuning-primer.sh são bons pontos de partida para isso. O mysqlreport está no link , e eu posso postar apenas 1 link para o Google por "tuning-primer.sh": -)