Deve estar dentro do aplicativo PHP? Dentro do seu script cron, você poderia contar o número de linhas a serem inseridas e adicioná-las a um arquivo de log ou a uma pequena tabela de log dentro do banco de dados mysql (a menos que isso seja o que você quer dizer com modificar o mysql). Eu não tenho certeza, mas eu acho que a função myql row_count () funcionará com os dados INFILE também, então contar os números seria fácil.
E, talvez o método mais simples, se as linhas não forem modificadas após a inserção, você poderia adicionar uma coluna de registro de data e hora ao banco de dados, que é automaticamente definida como a data da inserção e contar os números de uma semana.