A melhor maneira sob o Linux é com um script SysV Init padrão. É assim que os daemons devem ser iniciados sob o linux, então esse é o primeiro lugar onde a maioria dos administradores irá parecer.
Padrões são bons assim. ;)
Muitas distribuições vêm com um esqueleto de script de inicialização que você pode modificar para se adequar e algumas são fornecidas com uma biblioteca de funções de shell que você pode fornecer para ajudá-lo a escrever um script de inicialização. no redhat há /etc/init.d/functions
.
Você pode usá-lo apenas para chamar o script de inicialização padrão fornecido com o Tomcat. O Tomcat pode até vir com um script de inicialização do SysV, não me lembro, já faz muito tempo desde que eu instalei o tomcat vanilla.
Faça também o seu script de inicialização chkconfig-able!