Como o CN em muitas implementações de esquema é multiuso e não é garantido que ele seja exclusivo, a regra geral é usar um atributo de valor único e que deve ser exclusivo, como o uid.
No Active Directory, para um único domínio, você pode confiar em sAMAccountName, mas não se houver mais de um domínio na árvore / floresta. Você pode confiar no userPrincipalName, que geralmente é estruturado como [email protected], mas, diferentemente do sAMAccountName, não há validação de que esse seja realmente um valor exclusivo.
Experimentalmente eu notei (ok, eu fiz alguns erros de digitação) que o UPN pode ser praticamente qualquer valor e não há aplicação.