Meu palpite é que o servidor se reinicia de vez em quando para evitar vazamentos de recursos (memória, conexões). Muitos sites grandes tiveram problemas por causa disso no passado (o servidor ficaria sem conexões e não seria mais capaz de responder a quaisquer solicitações), de modo que, provavelmente, ele seria incluído nos scripts de instalação.
Se você quiser descobrir exatamente, sugiro verificar o crontab de root ou o usuário no qual o MySQL está sendo executado.