Isso é mau mojo, então. Isso não é nada que você esteja fazendo com seu procedimento, mas algo errado com o MSI. Você construiu o MSI sozinho ou é de terceiros? Se for de terceiros, o fabricante indica que o MSI funciona nesse tipo de cenário de implantação?
Não posso dizer quais validações específicas você deve executar porque não sei exatamente o que o Windows está fazendo quando "extrai" as "informações de implantação" do MSI. Eu sei que vi isso com alguns MSIs razoavelmente mal feitos de terceiros. Acredito que acabei desistindo deles, extraindo o conteúdo sozinho e re-empacotando-os em MSIs com WiX.
(Este é um daqueles lugares no Windows onde eu adoraria ter alguma visibilidade do código-fonte ...)