Está sendo feito corretamente como é.
Durante a fase de instalação de uma máquina virtual Xen, a VM é inicializada levemente. Isso ocorre devido ao modo como o pygrub (não o grub real) manipula a inicialização de uma máquina virtual. Precisamos usar o pygrub por causa da natureza para-virtualizada do Xen. O Pygrub é usado para 'alimentar' um kernel para a máquina virtual.
A VM inicializa um kernel que está no sistema operacional hospedeiro pela primeira vez, enquanto está "dentro" da VM depois. Isso exige reconfigurar a VM um pouco depois da instalação, por isso ela precisa ser desligada , não reinicializada. Depois disso, uma reinicialização será uma reinicialização.
Dê uma olhada aqui bem rápido, ou, para uma resposta mais elaborada, dê uma olhada aqui , perto de "Controle do ciclo de vida".
Talvez alguém com um pouco mais de experiência com Xen possa escrever um comentário aqui sobre por que, exatamente, a 'destruição' é necessária na primeira vez.