Para qualquer um que tente fazer isso no futuro, aqui está o que você deve fazer:
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Verifique se você está executando uma versão do PHP segura para thread (você pode verificar isso acessando seu php_info ou o arquivo que eles fornecem). Se você não estiver executando uma versão segura, continue:
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Faça o download da versão não-ts (versão não thread-safe) da página de download típica (há duas versões disponíveis)
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Coloque as Dlls dentro da sua pasta Windows \ System (eu coloco as minhas em uma subpasta)
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Adicione a linha zend_extension = C: \ Windows \ System32 \ ioncube \ ioncube_loader_win_5.2.dll observe que NÃO é zend_extension_ts e é zend_extension
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reinicie o IIS
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Execute o arquivo ioncube-loader-helper.php para verificar se funcionou corretamente.
Aproveite.