Como você está executando o .Net, assumo o Windows e o IIS, e provavelmente um domínio para autenticação de usuários. Existe alguma coisa que o impeça de ativar a segurança de diretório no IIS para proteger as pastas em que os aplicativos residem? Os usuários podem usar suas credenciais de domínio para fazer login quando solicitado. O navegador e o IIS lidariam com a autenticação antes que seu aplicativo da Web pudesse ser visualizado.