Para licenças, você desejará usar o mecanismo de chave de licença integrado no Oneiric e o link portal de envio de aplicativos.
Acho que você respondeu à sua própria pergunta, já que deseja armazenar as configurações do espaço do usuário em ~ /.< somedir > ou ~ / .config / < somedir > - seguindo os padrões XDG seria sugerido.