Qualquer um dos componentes mencionados pode ser a causa do problema.
A melhor maneira de solucionar o problema seria farejar as interfaces de entrada e saída em um cliente, nos servidores IIS e nos servidores SQL. Você não deve ter problemas para determinar a origem de seu problema depois de ter um registro de onde sua solicitação e sua resposta subsequente estão durante a janela de 45 segundos.