De acordo com a documentação " Licenças: migrando, atualizando e renomeando " no site da Citrix, parece que você poderia fazer exclusões manuais dos arquivos .lic, mas isso não é recomendado porque, se os metadados não forem atualizados corretamente, isso estragaria as contagens de licenças da Citrix (consulte a página 11 do PDF vinculado).
O " Guia do Administrador do Access Essentials " menciona apenas uma maneira de remover licenças (uma a uma, por usuário da ferramenta Admin, como você mencionou), a menos que você queira mexer com os arquivos .lic, acho que está preso. Desculpe.