Algo como isso deve fazer o que você quer:
RewriteRule ^(/~dun3/archives/).+?/([^/]+/[^/]+)$ $1$2 [L,R=301]
(A parte final de R = 301 envia um cabeçalho HTTP 301 Moved Permanently
, o que eu presumo é o que você quer fazer, mas se não, você pode simplesmente omitir essa parte.)