Existe uma ferramenta linux chamada nvram-wakeup que permite programar programaticamente o tempo de ativação de uma caixa - mas acho que também permite manipular outras configurações da bios.
smbios-utils é outro utilitário que vale a pena analisar.
Você também pode conferir os fóruns do MythTV, já que ouvi falar disso pela primeira vez. Eu sei que eles lidam com a configuração do wake-on-lan - mas eu mesmo não fiz isso.