Nem o apache nem o navegador precisam de um arquivo javascript para ser executável. O usuário do apache (www-data) deve ser capaz de ler os arquivos e executar o diretório em que eles estão. Normalmente, o grupo ou usuário seria configurado para www-data, ou "outro" receberia permissões de leitura. Verifique /var/log/apache2/error_log
para erros de acesso a arquivos.
No entanto, a partir dos sintomas que você descreve, é mais provável que haja um problema com seu código javascript. Provavelmente há um erro no qual está impedindo a execução de scripts subseqüentes.
Caso contrário, precisaríamos saber qual navegador você está usando e se você tem problemas em outros sites.